atom-beautify
参考：
Uncrustify
参考：
uncrustify/uncrustify: Code Beautifier – GitHub
Atom に atom-beautify をインストールしてソースコードの崩れたインデントを一括整形する方法 | Yukiwet
SQL を整形する
pip コマンドで sqlparse パッケージをインストールする。
$ pip install sqlparse
参考：
atom エディタに SQL フォーマッターを導入する | cupOF Interests
atom-beautify の SQL 整形でエラー – Qiita
andialbrecht/sqlparse: A non-validating SQL parser module for Python – GitHub
シェルスクリプトを整形する
pip コマンドで beautysh パッケージをインストールする。
$ pip install beautysh
参考：
lovesegfault/beautysh: A Bash beautifier for the masses. – GitHub