ツリービューの使い方
.gitignore で指定されたファイル・ディレクトリを非表示にする
tree-view の設定で、Hide VCS Ignored Files の項目をチェックする。
または、ツリービューにフォーカスがある時にIキーで表示・非表示をトグルする。
（出典：github.com ）
参考：
Atom のツリービューで ignore ファイルを非表示にする | nocorica
“Ignored Names” in Preferences has no effect in TreeView · Issue #10684 · atom/atom – GitHub